Po zničení Anurádhapury založil čolský kráľ Raja Raja Chola mesto Polonnaruwa a celú severnú časť ostrova pridal ku Čolskému kráľovstvu. Jeho syn Rajendra Chola dobil takmer celý ostrov. Dynastia ovládala Srí Lanku 80 rokov. V roku 1070 viedol sinhalský kráľ Vijayabahu I. povstanie a čolskú dynastiu z ostrova vyhnal. Polonnaruwu si ponechal ako kráľovské hlavné mesto. O najväčší rozkvet Polonnaruwy sa zaslúžil král Parakramabahu I. Počas jeho vlády boli postavené veľkolepé paláce a chrámy, vybudované krásne parky a 2500 hektárová vodná nádrž, ktorá zabezpečovala zavlažovanie nekonečných polí. Nasledovník kráľa Vijayabahu snahu o predčenie úspechov svojho predchodcu kráľovstvo zruinoval. Začiatkom 13.storočia bola Polonnaruwa opustená a centrum sinhálskej moci sa presunulo na západnú časť ostrova.
V roku 1982 bola Polonnaruwa zapísaná do svetového dedičstva UNESCO. Návštevníci majú možnosť prehliadnuť si viaceré pamiatky, paláce, chrámy a sochy Budhov. Z dôvodu rozsiahlosti komplexu sú populárne prehliadky na bicykloch.